телеграм канал Гриша Тагильцев
Оцени!

Гриша Тагильцев

Аспирант Корнеллского университета в Нью-Йорке. Пишу о науке и образовании.
.
Написать мне: @TagiltsevSupportBot
.
Навигация: https://tgraph.link/tgblog-navigate-06-06

Информация о канале

Телеграм канал «Гриша Тагильцев» @grigorytagiltsev (4700 подписчиков). Добавлен в каталог 15 Октября 2020. Категория 🕶 Блоги. Открыть в: Telegram | в web версии | Ссылка в каталоге: https://tgram.me/grigorytagiltsev | Телеграм ссылка: https://t.me/grigorytagiltsev Язык: Русский, Английский, Сербский.

Дата добавления
15 Октября 2020 10:11
Последнее обновление
13 Апреля 2021 13:12
Дата создания
3 Мая 2018 15:30
Категория
🕶 Блоги
Адрес в каталоге
https://tgram.me/grigorytagiltsev
Telegram ссылка
https://t.me/grigorytagiltsev
Подписчики
4700
Язык
Русский, Английский, Сербский

Похожие каналы

Телеграм каналы похожие на @grigorytagiltsev

Отзывы на канал @grigorytagiltsev

Оставьте пожалуйста свой комментарий о телеграм канале «Гриша Тагильцев».

Популярное в каталоге

Посмотрите популярные ресурсы в каталоге

Последние посты

Последние сообщения в телеграм канале «Гриша Тагильцев».

​​Коллективный разум

Моим первым курсом в аспирантуре была биофизика. Рассказывая структуру курса на первом занятии, лектор посоветовал делать домашние задания в группах:

“Working in groups is strongly encouraged. Make friends with the other people in the class, work together, talk to each other, make use of each other’s intelligence.”

Этот курс был не исключением: все последующие предметы в аспирантуре включали работу в группах.

До переезда в США у меня был другой опыт — над большинством домашек все работали поодиночке. Коллективная работа ограничивалась простым списыванием (пост про списывание тут).

Действительно, может сложиться впечатление, что если разрешить работу в группах, то один отличник будет делать всю работу за двух-трех троечников. Но бороться со списыванием надо не разделением студентов, а нулевой толерантностью к списыванию. У нас в Корнелле за списанные работы просто ставят ноль баллов без возможности пересдачи.

Но даже без прямого списывания при работе группах кто-то всегда делает чуть больше. В этом нет ничего страшного. За счет разных подходов и обсуждения работы выигрывают все.

Фраза “…make use of each other’s intelligence” идеально это описывает.

Например, сейчас я прохожу курс, в котором довольно много программирования. И я мог бы в одиночку написать все проекты по программированию. Но каждый строит алгоритмы и пишет код по-своему. За счет работы в группе я узнаю варианты решения, до которых не додумался сам, и делюсь своими вариантами с другими. А обсуждение позволяет найти оптимальное решение.

Кстати подобный подход заложен в основе школы 42 — французского феномена в образовании, про который я рассказывал ранее (тык).

Ну и по традиции медиафайл к посту опять не в тему. Недавно был в парке Секвойя — зацените, как выглядит “Генерал Шерман” — одно из крупнейших деревьев в мире. Эта 83х метровая махина пустила корни еще до появления Римской империи.

Всем добра,
Тг

#образование 0:14

4.7K 0:14

​​Менторство

Вы часто присылаете вопросы по поступлению в магистратуру/аспирантуру и науку за рубежом в целом. Кому-то нужен конкретный совет, кого-то просто мотивировать к действию. Для меня это тоже хороший нетворкинг — в итоге все довольны.

Взаимопомощь — очень сильная черта академической среды: вы все время у кого-то учитесь, а кто-то учится у вас.

Этим летом мне написал парень из Принстона и предложил поучаствовать в программе Science Mentors.

Он — Саша Кауров (астрофизик из Принстона) и еще два организатора, Виктория Коржова (менеджер по продукту в Product People) и Михаил Крещук (занимается quantuum computing в Tufts University) — замутили очень крутую историю. В чем суть:

В программу набирают мотивированных студентов, которые уже успели соприкоснуться с наукой, но столкнулись с какими-то сложностями, и их надо немного подтолкнуть к следующему шагу. Также набирают группу менторов, которые уже выпустились и имеют опыт работы в академии/индустрии. Среди студентов отбирают тех, кому программа реально может помочь исходя из текущего набора доступных менторов.

После набора составляют пары: 1 студент — 1 ментор. Они выявляют проблему и обсуждают цели на программу. И далее встречаются/созваниваются шесть раз по часу с перерывами в две недели. На каждой встрече студент и ментор смотрят на текущий прогресс и обсуждают дальнейшие действия.

Например, в предыдущем наборе мне назначили студентку, которая хочет продолжить академическую карьеру, но сомневалась, куда идти дальше. Мы обсудили потенциальные лаборатории, рассмотрели разные программы и как лучше оформить заявку. Сейчас она активно подается в аспирантуры в разных странах. На самом деле она бы и без меня справилась, я скорее был группой поддержки.

Вообщем отличная инициатива, организация супер. Ну и в целом ребята занимаются важным делом. Сейчас идет новый набор.

Подробнее о программе можно почитать на сайте: ➡️ клик.
Там же есть формы заявок для студентов и для менторов.

Следующая программа начинается 1 февраля.
Прием заявок открыт до 17 января.

Участие бесплатное: студенты не платят, менторам не платят.

Если вы студент, которому нужна помощь, или потенциальный ментор, который хочет помочь — велкоме. Я уже записался в менторы.

А если этот пост не для вас, то просто с наступающим Новым Годом!
ЗЫ. Мы с друзьями по приколу взяли тест-драйв Теслы. Оказывается, машина за $80К умеет пукать))

Всем добра,
Тг

#образование 0:06

7.3K 0:06

​​Идеальное разрешение

Каждый декабрь разные издания публикуют топы научных достижений уходящего года. Сегодня расскажу о нескольких достижениях, которые особо не заметили в широких новостях, но горячо обсуждались в научных кругах. Думаю, именно они сыграют важную роль в будущем.

Дело в том, что сразу два популярных вида микроскопии: флуоресцентная и электронная — приблизились к своему идеальному разрешению.

Начну издалека. Откройте карты на телефоне и посмотрите на вашу геолокацию. Технически телефон измеряет свое местоположение, а не ваше. В каком случае геолокация телефона определена с идеальным разрешением? — когда погрешность геолокации равна размеру телефона (а точнее чипа GPS).

Флуоресцентная микроскопия чем-то напоминает определение геолокации. Вы прикрепляете флуоресцентную (светящуюся) метку, например, к какому-нибудь белку в клетке. Далее флуоресцентный микроскоп позволяет увидеть, в какой именно части клетки находится эта метка (а значит и сам белок). Задача похожа на определение геолокации, где вы - это белок, а телефон с GPS — флуоресцентная метка.

С развитием метода точность поиска метки все время росла. И вот Abberior Instruments — компания Штефана Хелля (я его уже упоминал: тык) — показали микроскоп Minflux, разрешение которого равно размеру флуоресцентной метки. На фото видно его разрешение по сравнению с конфокальным микроскопом (больше фоток на сайте - тык). Судя по соцсетям, Minflux расходится как горячие пирожки. Уже выходят первые исследования, сделанные на этом микроскопе. And there are more to come…

Теперь про электронную микроскопию:

Единственное отличие от обычного светового микроскопа — на образец светят пучком электронов — это позволяет увеличить разрешение на порядки. Улучшенная версия — криоэлектронная микроскопия — даже позволяет определять структуру белков, то есть найти координату каждого атома белка в 3D.

Но в случае со структурами белков задача чуть сложнее, чем с геолокацией. Микроскоп может делать только двухмерные фотографии. Таким образом вы фотографируете двухмерную “тень” трехмерного объекта. А дальше комп собирает из этих “теней” 3D-структуру. Идеальное разрешение структуры белка должно быть соизмеримо с размером атома (сильно утрирую).

Лет 10 назад многие бы сказали, что это нереально. Но в этом году сразу две лаборатории (раз, два) за счет ряда улучшений смогли достичь разрешения структуры белка с точностью в один атом!.. Один атом, Карл!

Хорошо, увеличилось разрешение: и что с того? — Дело в том, что большая часть новых данных об устройстве живой клетки производится именно этими методами. Современная физиология клетки уже кардинально отличается от физиологии 10 лет назад. Судя по последним улучшениям разных методов, скоро физиология окончательно покроется уравнениями и расчетами и превратится в биофизику на стероидах.

Казалось, что год можно заканчивать, но тут отличились ребята из Google Deepmind (та самая компания, чья нейросеть обыграла человека в го). Они заявили, что им вообще не нужен никакой микроскоп, чтобы узнать структуру белка.

Они показали нейросеть AlphaFold, которая с довольно высокой точностью предсказывает структуру белка всего лишь по его аминокислотной последовательности. Разрешение ниже, чем в криоэлектронной микроскопии, но, думаю, это вопрос времени. Если эта штука заработает рутинно, то для получения структуры белка вместо многомиллионного оборудования и недель работы достаточно будет иметь ноут с инетом, и вы получите структуру в один клик. То есть предсказание потенциальных лекарств будет занимать два клика. Заслуженно многие отзывы об этой работе начинались со слов “It’s a game changer”.

Бонус:

Deepmind вообще феерили в этом году. Например они показали нейросеть, которая лучше живых врачей предсказывает рак груди по маммограммам. Сейчас есть куча лаб, которые пытаются научить комп ставить диагнозы по рентгеновским снимкам, МРТ или УЗИ. Но таких убедительных результатов я еще не видел.

Всем добра,
Тг

#научпоп

4.3K 14:39

​​Дойная корова

Давайте на секунду забудем про высокие цели и обсудим академическую карьеру с утилитарной точки зрения.

В науке есть устоявшаяся лестница карьерного роста: студент -> аспирант -> постдок -> временный профессор -> постоянный профессор (tenured). После постдока могут быть всякие пертурбации типа инструктора или senior research associate. Но, как правило, постдоки, которые хотят остаться в академии, метят в профессора. Эту ступень и обсудим.

При поиске профессорской позиции и создании лаборатории важно грамотно выбрать тему. Если из вас как из рога изобилия валят гениальные идеи, или вы прост забираете тему с постдока в свою лабу, то все хорошо. Если темы нет, то нужно ее искать.

Как вариант можно сделать лабу, основанную на каком-то методе и превратиться в часть инфраструктуры универа. Про этот вариант я уже рассказывал (тык).

Если это не для вас, то надо искать тему исследования. Как вариант можно почитать ревью. Обычно в конце авторы пишут, что именно в данной области еще не известно, и на какие вопросы предстоит ответить. Если ничего не нашли, можно самому почитать статьи и сложить из них общую картину — по-любому найдутся пробелы.

Но есть и читерский ход — заглянуть в базу данных грантов. Например у NIH — одного из крупнейших источников финансирования биомеда в США — есть система грантов NIH RePORTER. Там есть все: институты и фамилии исследователей, сколько им дали денег, и на какую тему. Даже абстракты прилагаются. Подобные базы данных есть во многих странах.

Допустим, вы хотите заниматься структурой рецепторов, но не знаете, какой именно рецептор выбрать для исследований. Ищете несколько разных рецепторов в NIH RePORTER. При первом же поиске можно оценить востребованность темы по количеству грантов в целом, и в каждом институте по отдельности. Если вас не берут в условный Гарвард, где вся поляна занята, то через несколько минут поиска можно найти, что криоэлектронный микроскоп для исследования структуры рецепторов есть и в далеком университете Монтаны, где конкуренция гораздо ниже.

Также можно прикинуть конкуренцию по количеству выпавших фамилий. Возможно многих вы уже знаете, если вы раньше крутились в этой области. Скорее всего эти же люди будут оценивать ваши заявки на гранты и давать отзывы на научные статьи.

И здесь надо найти золотую середину: чтобы ваша работа была востребована, но не захлебнуться в конкуренции. Многие профессора, которые удачно выбрали тему и смогли хорошо опубликоваться в первые годы, потом могут десятилетиями доить ее как корову, обновляя гранты раз за разом. Знаю таких лично, и в базе данных грантов их не сложно отследить.

Ну и надо отметить, что я сам еще аспирант: до профессора мне пахать и пахать. Умозаключения выше основаны на личных наблюдениях за карьерами старших знакомых: кто как делал, и у кого как получилось.

Снизу статистика по выдачам очень популярного гранта для профессоров — NIH-RO1. Больше статистики по грантам NIH на NIH Data Book.

Всем добра,
Тг

#научпоп

4.9K 08:56

​​Признак хорошей аспирантуры

Сформулировал для себя один важный признак хорошей аспы: высокое соотношение числа профессоров и аспирантов. Чем больше профессоров на одного аспиранта, тем лучше.

Да, так просто.

Основная цель аспы — сделать из всезнающих и ничего не умеющих студентов профессиональных ученых. Для этого аспирант должен выполнить большой (3-5 лет) научный проект — диссертацию. Попадать пипеткой в пробирку и включать микроскоп можно научиться за пару месяцев. А все остальное — от гипотезы и плана работы до обсуждение результатов и оформления исследования в научную статью — требует внимания профессора.

Или нескольких. Чем больше глаз критически оценят вашу работу, тем лучше.

Я понял, насколько это важно, когда попал в Корнелл. Только на нашем факультете на 45-50 профессоров приходится 50-60 аспирантов (набирают около 10 аспирантов в год) — получается почти один к одному. Это много, учитывая, что наш факультет не набирает бакалавров. Соответственно они не отнимают профессорское время.

Еще есть други факультеты. Также в наш кампус входят Rockefeller University и MSK Cancer Center — мы буквально обставлены профессурой. Все — известные ученые с тысячами и десятками тысяч цитирований. И все готовы выделять нам время. Плюсом это отличный нетворкинг. Благодаря аспирантуре я лично знаком или в одном рукопожатии с практически всеми крутыми учеными в моей области.

Это правило можно расширить и на бакалавриат. Но в бакалавриате один интересный лектор может читать материал сотням студентов студентов одновременно. Так что скорее важно число семинаристов. В аспирантуре же нужны именно крутые ученые.

Об этом же говорил Сергей Гуриев. Сейчас он часто выступает экономическим комментатором. Но вообще он был ректором РЭШ, а сейчас заведует аспирантурой в Sciences Po — наверно самом престижном дипломатическом ВУЗе Франции. Так что в организации образования он что-то понимает.

Конечно, это не единственный параметр хорошей аспирантуры. Важно учитывать ресуры лаборатории, связи/престиж универа. Но часто это сопутствующие вещи.

На сладкое можете послушать пару выступлений Сергея Гуриева про образование:
раз
два (не нашел полную версию)
- в тему пост про набор в аспирантуру (тык)

Всем добра,
Тг

#образование

4.3K 07:49

Роторная турбина внутри тебя

Иногда рассказываешь человеку не из научной среды про свои исследования. Он внимательно слушает. Далее всегда тот же вопрос: погоди, так это физика или химия?

Сегодня расскажу о крутой штуке, в которой и физика, и химия, и биология.

Скучное вступление:
В каждом учебнике биологии написано: “митохондрия — это энергетическая станция клетки”. Эту мысль расписывают в следующую картину: митохондрии — загадочные пузырьки внутри клетки. Магическим образом они создают молекулы АТФ. Дальше энергозатратные части клетки расщепляют эту АТФ, что приводит к выделению энергии.

В углубленном курсе биологии оказывается, что в митохондриях творится вовсе не магия, а сложные цепочки химических реакций: цикл Кребса и дыхательная цепь. Их реально рисуют как цепи из стрелок. Над каждой реакцией подписывают фермент, который ее катализирует.

Реакция, в результате которой генерится сама АТФ:
АДФ + фосфат ион = АТФ

Интересная часть:
Эту реакцию катализирует фермент АТФ-синтаза. Это и есть та самая крутая штука, о которой я хотел рассказать.

Этот белок (на видео сразу два белка) напоминает собой жернова (сверху), в которые воткнут ротор с лопастями. Сами лопасти воткнуты в мембрану митохондрии (фиолетовые, снизу). Когда концентрация кислоты с двух сторон мембраны меняется, кислота (ионы водорода) начинает просачиваться между лопастей сквозь мембрану, тем самым раскручивая ротор. Вращающийся ротор приводит в движение жернова. Эти жернова хватают АДФ и фосфат ион, физически их “сминают”, и выплевывают АТФ.

Эта штука может крутиться со скоростью 350 оборотов в секунду. Причем есть подвиды АТФ-синтазы, которые, наоборот, могут рвать АТФ, тем самым раскручивая ротор и качая кислоту в другую сторону.

АТФ-синтазы расставлены в отсеках митохондрий как роторные турбины Ток кислоты для них создают специальные насосы. Также внутри полно других белковых машин, которые управляют процессом. В итоге имеем: митохондрия вполне себе напоминает энергетическую станцию.

Все это происходит в каждой клетке вашего организма, пока вы читаете этот пост.

Кстати, эксперимент, который впервые показал вращение ротора — вообще топ. Взяли АТФ-синтазу, оторвали лопасти у ее ротора, вместо них прицепили длинную светящуюся палку. Эту конструкцию приклеили жерновами к твердой поверхности и налили сверху раствор АТФ. Светящаяся палка начала крутиться, как стрелка часов.

Изначально я писал этот пост, чтобы рассказать о проблеме разделения физики, химии и биологии в образовании. Но увлекся рассказом про АТФ-синтазу. Так что о разделении предметов в другой раз. Фермент — огонь, согласитесь же?

Если понравилось, можете почитать старый пост про молекулярные лифты и датчики холода (тык).

Всем добра,
Тг

#научпоп
ЗЫ. Пора вводить новый хэштег #мембранныебелки YouTube ATP Synthase - The power generator of the cell The nano machine found in mitochondria amazed me to the core. A mind-blowing video everyone should see at least once in life.

3.9K 06:37

​​Don’t be a jerk

В декабре я публиковал пост про менторскую программу, которая сейчас уже вовсю идет. Судя по просмотрам и количеству заявок тема востребована. Поэтому некоторые мысли буду выкладывать сюда с хэштегом #менторство.

Одним из ключевых шагов в научной карьере является выбор научного руководителя. Очевидно при выборе надо обратить внимание на тему, scientific record, ресурсы лабы и тп. Но один из основных параметров — как в анекдоте, “главное, чтобы человек был хороший”. К сожалению в научной среде у профессуры слишком много власти над подопечными. Вам не просто придется работать с этим человеком 2-5 лет. Ваша будущая научная карьера во многом в его руках еще лет пять после того, как вы закончили с ним работать. Многие мои знакомые, ушедшие из науки, сделали это именно из-за научника.

Самое жесткое из того, что слышал: у знакомого в институте был один научник-мудак: орал, обзывался… Однажды один постдок не выдержал и втащил ему между глаз (нет, это мы тоже не поощряем). Решили спустить на тормозах, при условии, что этот постдок уволится по собственному, уедет из страны и закроет визу.

Итак задача: как вычислить научника-мудака?

Первая мысль — пообщаться с ним лично. Но это не совсем подходит: часто профессора вне лаборатории, на публике пытаются казаться лучше, чем они есть. Помните, им надо нанять очень квалифицированных кадров на очень маленькую зарплату.

Второй вариант — расспросить людей, которые с ним работают. Но они не всегда скажут все как есть. Ведь это уже их научник, который уже влияет на их карьеру. Вывод: надо найти тех, кто говорить не боится. Только где их взять?

Лезем на сайт лаборатории. Заходим на вкладку сотрудники и скролим до списка alumni (выпускников). Обычно профессора публикуют список выпускников и их текущее место работы, чтобы прорекламировать свою лабу как удачное место для карьерного роста. Но нам эти люди нужны, чтобы найти всех скелетов в лабораторном шкафу. Если списка выпускников на сайте нет, можно поискать в списке авторов по старым статьям научника.

Дальше ищем, где эти люди работают сейчас, находим емэйл и пишем с просьбой созвониться. Как правило большинство соглашаются и даже рады новому знакомству. Во время звонка сначала познакомьтесь — нетворкинг всегда, нетворкинг во всем — и потом расспросите про научника. Список вопросов подготовьте заранее. Может получиться, что научник — в целом человек хороший, но не подходит вам по стилю работы. Так что это тоже лучше обсудить.

Ну и в конце напомню, что требования, которые вы выдвигаете к другим, надо применять и к себе. Однажды нам проводили экскурсию по стартап-инкубатору в CornellTech. На входе стояла доска, на которой маркером был накарябан устав инкубатора. Последним пунктом было “Don’t be a jerk”. Начальник инкубатора пояснил:

“Мы смогли создать комфортную рабочую атмосферу в нашем коллективе и очень ценим это. Некоторые люди думают, что их высокий интеллект является оправданием их стремного характера. Может быть так было раньше, но сейчас это не так. Сейчас на рынке интеллектуального труда достаточно высокая конкуренция, и мы можем себе позволить не нанимать мудаков”.

Кстати зацените, какой крутой кампус себе забабахал CornellTech. По ссылке виртуальный тур по кампусу в 3D.

Всем добра,
Тг

#научпоп
#менторство

3.9K 10:38

Просветительская деятельность

Пришла беда, откуда ждали. Госдума в третьем чтении приняла закон о просветительской деятельности. Далее его одобрил Совфед. Текст на сайте госдумы: тык.

Не могу сказать ничего нового про этот закон: он вредный и ненужный. Иллюзии о его пользе окончательно пропадают после прочтения пояснительной записки. Хотя ребята поумнее меня уже все обсудили на Медузе: тык.

На этой неделе вДудь выпустил очень важный видос про kruzhok.io. Ребята из Кружка ездят по небольшим селам и проводят крутые учебные программы с местными детьми. Мне эта история показалась очень личной, хотя сам я не из маленького города (из Екатеринбурга), и учился в сильной школе (привет всем из девятки).

Но я увлекся наукой и могу ей заниматься в одном из сильнейших университетов мира во многом благодаря тому, что в нужное время мне попадались люди типа ребят из Кружка. Это могли быть короткие программы или внеурочные занятия, иногда случайные встречи. Но порой даже несколько фраз могли повлиять на мое мировоззрение.

Если у организаций типа Кружка начнутся проблемы, потеряют в первую очередь не “просветители”, а потребители этого самого просвещения. Поэтому предлагаю популяризировать популяризаторов. Если вам попадаются интересные статьи/блоги/подкасты про науку — не стесняйтесь делиться ими с друзьями. Кого-то может завлечь космос, кого-то генетика, кого-то лингвистика. Рассказывайте про интересные учебные программы и курсы — пусть знают, у кого вы научились делать сайты.

Я тоже буду стараться подсвечивать больше ресурсов, популяризирующих науку на русском языке. Благо их полно. Если вы сами вещаете про науку, можете прорекламироваться в комментариях — буду чистить только дичь и оффтоп. А сегодня отмечу Илью Колмановского. Можете начать с его лекции про опасность массового ожирения.

Всем просвещения,
Тг

#образование YouTube Программа "Смысловая нагрузка". Илья Колмановский По данным Всемирной организации здравоохранения, за последние 33 года число людей с лишним весом выросло с 800 миллионов до двух миллиардов.😨 И ни одна из с...

2.8K 05:48

​​Торнадо

В прошлом году я запустил серию постов #науказбс, где вы можете рассказать про свои научные проекты (тык). Несколько человек захотели поучаствовать, и вот наконец я получил первый текст. Сегодня о своей работе расскажет Максим Норкин. На самом деле мы с Максом знакомы уже лет 10. Сейчас он заканчивает аспирантуру в EPFL в Швейцарии. Слово Максу:

Всем привет! Меня зовут Максим. Сегодня я расскажу вам про свою работу, а также дальнейшие планы по ее применению в медицине.

Вы слышали про стволовые клетки? Это такие “недозрелые” клетки, которые могут превращаться в клетки разных органов. Так в нашем организме формируются нейроны, клетки мышц, и тд. Этот процесс называется дифференцировкой.

Проблема в том, что стволовые клетки могут превращаться в раковые (cancer stem cells или CSCs). У таких раковых клеток есть несколько особенностей: они делятся быстрее других раковых клеток, чаще формируют метастазы, более резистентны к лекарствам, и тд. То есть такой рак сложнее лечить.

Один из методов борьбы с CSCs — искусственно превратить (дифференцировать) эти клетки в менее злокачественные раковые клетки, которые в свою очередь лучше поддаются химиотерапии. Есть примеры уже успешно работающей дифференцированной терапии. Например, применение ретиноидов в остром миелоидном лейкозе дает более 90% случаев выздоровления.

В нашей лабе мы занимаемся раком кишечника. У больных с метастазами пока не существует эффективного лечения, и 70% больных не проживают больше года после постановки диагноза. Конкретнее мы разрабатываем систему скрининга, которая позволяет проверить большое количество потенциальных лекарств, и определить, какое из них действительно запускает дифференцировку раковых клеток.

Для скрининга мы используем органоиды — искусственные системы клеток, похожие на раковую опухоль. Положительный результат — когда при добавлении лекарства органоид дифференцировался. Проверить дифференцировку можно, посмотрев на изменение синтеза генов органоида (РНК-секвенирование). Основная загвоздка в том, что существующие методы анализа синтеза генов дорогие: $400 за образец. Для анализа всего лишь 1000 лекарств с репликами выходит уже больше миллиона долларов, что неподъемная сумма для одного проекта.

Есть решение: вместо прочтения десятков тысяч генов прочесть 100-200 наиболее важных. В нашем проекте мы тщательно отобрали 200 важных генов для наблюдения за дифференцировкой раковых клеток и впервые применили этот метод к системе органоидов (аббр. TORNADO-seq 🌪). После такой оптимизации стоимость нашего метода составила $5 за образец. Далее мы проверили этим методом 2000 лекарств и отобрали из них 30 кандидатов. Результаты опубликовали в Cell Reports.

Следующий шаг — проверить потенциальные лекарства на живой системе (на мышках), чем я сейчас и занимаюсь. Если все получится, то найденные лекарства для дифференцировки в комбинации с существующими методам химиотерапии должны повысить эффективность лечения и уменьшить побочные эффекты.

Если есть вопросы, можете написать на мой линкдин.

Всем добра,
Макс

#науказбс

1.6K 06:56